内蒙古杭锦荒漠生态系统定位观测研究站的建设，不仅推动内蒙古自治区荒漠化防治、监测，科学研究、教育实习示范的发展，其监测和研究结果也将为建立荒漠生态系统预测预警体系，为该区域林业生态工程的实施及生态效益的评估提供详实、长期监测数据，防范自然灾害的发生，也是国家应对气候变化、履行国际公约、提升国家形象的重要体现。